水晶和玛瑙同属于阿尔法石英亚族，晶体结构为三方晶系。区别是水晶属于显晶质石英，玛瑙属于隐晶质石英。

使用x＿射线衍射法分析水晶和玛瑙的物相及结构时，因为单晶取得很困难，只能采用粉末法。由于晶胞参数相同，结构相同，x射线衍射仪记录的衍射图很大概率是相同的。

我个人认为不能区别。只能区别阿尔法与贝塔石英。