拟从早5：00开始，晚上23：00结束，全天共计运营18小时。宁句城际轨道交通工程设计初期、近期、远期高峰小时列车最小发车间隔分别为4.6分钟、2.7分钟、2.1分钟平峰小时列车最大发车间间隔保持10分钟不变。
南京地铁s6号线采用快慢车结合的运营模式，快车在客流相对较小的车站不停车，采用追踪或者在部分车站设置越行线越行慢车的方式，最多越行7站不停车，体现了将沿线乘客快速送达的理念。
列车采用最高运行速度120km/h的市域B型车，并结合客流分布特点采用大站快车的运营模式，从句容站到马群站最快仅需约33分钟，通过换乘地铁2号线，可实现1小时直达新街口的快速出行。
