玉髓和蛋白石的主要区别是内部结构不同，颜色也不同，玉髓一般是绿色和白色居多，而蛋白石是多种彩色的宝石。这和它们的形成有关系。

玉髓属于含水的石英体，属于隐性晶体，主要含量二氧化硅，晶粒小于几微米时，就组成玉髓了

而蛋白石是一种含水的非晶质的二氧化硅。主要是二氧化硅的胶体沉淀形成的。原石是二氧化硅交代所致。蛋白石之所以有多种颜色，是因为构成欧泊主体的非晶质二氧化硅球体大小不同，由于光的衍射作用，分解出相应光谱的颜色。它在矿物学中属蛋白石类，是具有变彩效应的宝石。