秘密花园动画片主要讲述了性情古怪、孤僻的小女孩玛丽•伦罗克斯的父母双亡后，生活在姨父神秘阴沉的大房子里，一次神奇的经历使玛丽闯入久已禁闭且荒芜的花园。

玛丽、农家小子狄肯和常年被关在阴暗房间里的病态少爷柯林，找到了开启快乐的钥匙和花园，经历了一次诗意的复活。