区别如下：

1、价格不一样。

淘宝网上的旗舰店：淘宝上的价格都是固定的，没有讲价这种说法。

实体店：价格不固定，随时可以讲价。

2、含义不同。

淘宝网上的旗舰店：指淘宝上某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店

实体店：指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。

3、卖的商品类型不同。

淘宝网上的旗舰店：同时可以经营多个品牌，所经营品牌可以自有，也可以由品牌商授权或品牌授权商授权。

实体店：只能经营一个品牌，卖的是单一性产品。