中亚最主要的两条河流：阿姆河和锡尔河。它们都发源于帕米尔高原，向西注入咸海，都属于内流河。阿姆河经过土库曼斯坦和乌兹别克斯坦，锡尔河经过吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦和哈萨克斯坦。中亚的东部地区还有伊犁河，发源于中国，注入巴尔喀什湖，途径哈萨克斯坦，是一条内流河。东北部有额尔齐斯河，发源于中国，从俄罗斯注入北冰洋，途径哈萨克斯坦，是一条外流河。西部有乌拉尔河，发源于乌拉尔山脉，注入里海，途径哈萨克斯坦，是一条内流河。