2000年，由于原河南省中原航空公司市场化经营的转轨发展遭遇了亏损，基于中国国内航空公司改革，中原航空以负资产全盘出让给南航。

南航在中原航空的基础上改组建立中国南方航空河南分公司，原属中原航空的资产、飞机、设施和员工全部归南航所有，一律采用南航标识。

郑州新郑国际机场也成为南航国内的一个基地、河南分公司的总部基地。