不冲突，因为适用范围不一样。
门特报销，是参保人在备案的医院门诊就医，使用社保卡在医院现场联网结算就医购药费用。参保人在下列情况下发生的特殊门诊基本医疗费用，可办理特殊门诊费用现金申报。
新农合，全称新型农村合作医疗，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
新农合是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。新农合报销范围，大致包括门诊补偿、住院补偿以及大病补偿三部分。
