有些矿物的颜色，则是由石头所含的一些杂质引起的，这杂质的含量虽然十分微少，但却对矿物呈现什么样的颜色有重大的影响。如无色透明的石英，只要混入一点点炭质或黑色矿物，就会呈黑色。红宝石所以显红色，是因为含有杂质金属铬，红玛瑙的颜色是由于含铁，红色的方解石也是因为混入铁质的缘故。这些颜色都称为他色。

对于一种矿物来说，他色将随所含杂质组分的不同而变化。此外当矿物晶格中存在某种晶格缺陷时，也会引起他色，例如紫水晶的紫色