申请东京大学博士留学的学生，需要参加由东京大学举办的入学考试。对于博士项目，获得博士学位的条件是：攻读该专业的博士三年或以上，获得该研究生院要求的学分，在导师的学术指导下通过论文审查和博士答辩。

医学研究院（健康科学、护理学、国际健康课程除外）、兽医医学科学系和农业与生命科学研究院的博士项目要求最少四年的攻读时间。