安室透怕柯南是因为安室透发现了柯南与FBI有一定的关系。

在赏樱的剧情中，安室透伪装成为一个男子接近了朱蒂并且放置了窃听器。并且安室透从途中知道了柯南与FBI关系密切，甚至知道黑衣组织成员楠田陆道的事情。因此安室透认为柯南是一个可怕的人。