南京博物院共有6个展馆，包括历史馆、特展馆、非遗馆、数字馆、艺术馆和民国馆。

其中历史馆、非遗馆、数字馆、艺术馆和民国馆的楼层数是1-2层特展馆的层数最多，共有有5层，其中1-4层为展览区域，第5层为餐厅。

所有展馆的楼层均为地上楼层，无地下楼层。