平均海拔3169米。

祁连县地处祁连山中段腹地，境内平均海拔3169米，县城海拔2787米。

祁连山为昆仑，秦岭地槽褶皱系的一个典型加里东地槽，褶皱迥返于陆相泥盆系磨拉石建造之前。北祁连山及河西走廊见中、下泥盆统不整合于下古生界（如武威杀木寺）及加里东晚期花岗岩（如九条岭南马良沟等）之上拉脊山见中、下泥盆统不整合于中、上奥陶统之上。