河马曾现在冰河时期末期广泛分布于北美洲和欧洲。那时的河马还有抵御寒冷气候的生存能力。而埃及尼罗河的河马已在639年灭绝。现在的河马大多生活在乌干达、苏丹、刚果北部、埃塞俄比亚、冈比亚和南非、博茨瓦纳、津巴布韦和赞比亚。有少数生活在坦桑尼亚和莫桑比克。而一些国家的公园或者保护区里也有河马的身影，比如阿鲁沙国家公园、马尼亚拉湖国家公园、米库米国家公园、非洲政府组织自然保护区、鲁阿哈国家公园等。