真武大帝主要是修仙的，他是降妖除魔的，三界的妖魔都归他管，同时他还镇守北天门，应该说真武大帝相当于成绩好的那个学生，而玉皇大帝相当于班长，成绩不是最好的，管事却是最多的。

由此看出，真武大帝和玉皇大帝什么关系都没有，他们就是同事关系，各管各的，玉皇大帝管理能力强，修为不是最强的，真武大帝修为强，却不是管理能力最强的，最后是玉皇大帝退休之后，真武大帝接替了他的职位。