巧囊会导致月经不干净的，因为巧克力囊肿的并发症是比较严重的，很可能会导致月经的紊乱或者出现腹部的疼痛，痛经等不适的情况，及时到医院选择彩超来检查，看一下囊肿的大小。如果囊肿比较大，建议做微创手术是安全的，近期先休息，暂停性生活。