三焦辨证为清代温病学家吴鞠通所确立，但其理论渊源可以上溯到《内经》。历代对三焦的认识不尽相同，但大多以上、中、下三焦划分人体上、中、下三个部分，即横膈以上的胸部为上焦，包括心、肺两脏横膈以下、脐以上的脘腹部为中焦，内居脾胃脐以下为下焦，包括小肠、大肠、肝肾和膀胱等。

汉代张仲景在《伤寒论》、《金匮要略》中即论述过三焦病证，其后历代医家有所发挥，但尚未构成完整的体系。

至清代吴鞠通著《温病条辨》，三焦辨证得以确立。