1、危害小麦储藏的主要害虫有：玉米象、米象、锯谷盗、大谷盗、长角谷盗、谷蠹、印度谷蛾、麦蛾、腐食酪螨等。

2、危害小麦储藏的微生物主要有：除与危害稻谷的储粮微生物相同外，还有交链孢霉、禾镰刀菌(田间危害名为赤霉病)，入仓后如遇湿度大，温度高，能继续发展危害，且可能产生毒素，造成人畜中毒现象发生。

3、老鼠：危害小麦储藏的鼠类主要有褐鼠、黑鼠和小家鼠。 小麦“三低”储藏 ：“三低”储藏一般也是指低氧储藏、低药熏蒸和低温储藏三项储藏技术先后综合用于保管小麦的方法。