扇贝属于卵生型贝类，繁殖时通过贝壳的反复开台将成熟的精子和卵子排到海水中，卵子在海水中受精、孵化。

孵化出的扇贝幼体经担轮幼体、面盘幼体、壳顶幼体的发育变态后，形成为稚贝。

多数扇贝种类为雌雄异体，如栉孔扇贝、虾夷扇贝性腺成熟时，雌性性腺为桔红色，雄性性腺为乳白色或红黄色。但海湾扇贝却为雌雄同体，性腺仅局限于腹部，精巢与卵巢则清晰可见。