丹霞山国家地质公园内河流属珠江水系北江支流，主要有锦江和浈江两条河流。其中锦江源于江西崇义县仙人岭，在园区内长36千米浈江源自江西省信丰县，从丹霞山南侧环绕流过，河流宽阔处形成河心洲。翔龙湖位于长老峰南侧，长度为1350米，水深18米。另外，飞花水瀑布群在白莲村南，是断层横切过溪流所致锦石岩马尾瀑从锦石岩右侧的崖顶飘下，高160米，为间歇性瀑布