朝弘治二年(1489)，于谦冤案得以平反，孝宗皇帝表彰其为国效忠的功绩，赐谥"肃愍"，并在墓旁建祠纪念，取名"旌功祠"。

五百多年来，于谦祠屡毁屡建，现存建筑为清同治八年重建的旧迹，格局尚属完整，自1991年5月起，先后经四次修缮，至1998年，值于谦诞辰600周年之际，于谦祠重新对外开放。