你别来了就是肯定的语气，那你别来了还要商量的余地。

当对方说你别来的时候就证明他对你并不喜欢，甚至可能还有一些反感，所以当对方对你说别来了，就是告诉你不要过来了不想看到你。

那你别来了，是指让你暂时不要来，可能这件事他自己一个人能干，你到场的话会帮倒忙。

这两个虽然看起来没有差别但用语气说出来却天差地别，所表达的情感也不一样。