作为负责人最多可以同时申请两个国家级课题，一个是科技部来源的课题，一个是国家自然基金委来源的课题。根据最新的科研项目的管理办法，为了避免多头申报，避免没有精力同时开展多个项目的工作，科技部只允许作为负责人主持一个课题。国家自然基金委也是一样的，只允许主持一个课题。目前能够算作国家级课题的就这两个来源，所以只能同时申请两个课题。