彭加木先后踏遍云南、福建、甘肃、陕西、广东、新疆等10多个省区，曾15次赴新疆考察并帮助改建中国科学院新疆分院，后任该院副院长。他冒着生命危险，先后3次进入罗布泊地区，调查自然资源和自然条件，为开创新疆科研工作倾注心血，并为我国植物病毒研究做了大量的工作。