南京雨花石形成于距今250万年至150万年之间，是地球岩浆从地壳喷出，四处流淌，凝固后留下孔洞，涓涓细流沿孔洞渗进岩石内部，将其中的二氧化硅慢慢分离出来，逐渐沉积成石英、玉髓和燧石或蛋白石的混合物。

雨花石的颜色和花纹，则是在逐渐分离、不断沉积成无色透明体二氧化硅过程中的夹杂物而已。仔细欣赏雨花石，个中藏有山川云彩、人物神仙、花鸟虫鱼，色彩艳丽，变化万千。人们多爱将其置于水盂中，陈设于书斋、案头，不失为高雅之物。