1372年，中国人杨载首先驻足钓鱼岛。明永乐年间出版的《顺风相送》对钓鱼岛有详细记载。其间明人在台湾辖区钓鱼岛采珠集药、捕鱼开发从未间断过，这些在明嘉庆11年陈侃所著的《使琉球录》中也有清楚记载。

明朝中叶，戚继光等民族英雄抗击倭寇时，就以钓鱼岛为战略防线。1602年日本侵犯琉球，琉球从此遭日人监督内政40余年。

1654年清康熙帝册封琉球王为尚质王，定两年进贡一次，称中国为父国，用大清年号。明清期间的多幅疆海图都清楚标明钓鱼岛为中国的一部分。