玛雅人起源于何地，至今仍是一个难解之谜。其起源众说纷纭，至今难以定论。有几种说法：某个国家的移民，或者是“失落的部族”后裔，甚至是外星人的后代等。

这种说法令人费解，如国家的原体从何而来，外星移民的相貌问题等，都成为考古史上的谜团。