具体游戏中未提及。估计是和神话中的一样死去了。古剑奇谭2中星罗岩处息妙华有如下对话作证：

阿阮：那么……神农神上呢他去哪儿了，你知道么

息妙华：……姑娘竟未曾听闻神农大人早已绝迹三界，这几千年来从未现身。

息妙华：有传闻说……神农大人早已如盘古大神一般……

阿阮：…………！！

阿阮：怎么会……这样…………