最后一战过后，在塞勒斯·伯格的引导下，幻影忍者城变成了——新幻影忍者城！这里全是机器，而复活的黑暗之主却再次控制了新幻影忍者城，忍者能否拯救大家呢

吴大师为了解救人们，自己却被黑暗之主改造，变成了吴魔王，最后回复原样。并且由机器忍者——赞与黑暗之主一起灭亡。