种子球形或矩圆形，白色、褐色、蓝黑或绛红色，光亮，有花斑，长约1.5厘米。

着生在豆荚内靠近腹缝线的胎座上。种子数因品种和荚的着生为主而异。通常含种子4～8粒，种子肾形，有红、白、黄、黑及斑纹等颜色千粒重0.25～0.7千克。染色体数2n=22。

菜豆喜温暖不耐霜冻。种子发芽的温度范围是20-30℃，低于10℃或高于40℃不能发芽。幼苗对温度的变化敏感，短期处于2-3℃低温开始失绿，0℃时受冻害。