顺序为：魔法科高校的劣等生入学篇、   魔法科高校的劣等生九校战篇、魔法科高校的劣等生暑假篇、魔法科高校的劣等生横滨骚乱篇、魔法科高校的劣等生追忆篇、魔法科高校的劣等生来访者篇、魔法科高校的劣等生双七篇。

故事发生在二十一世纪末的日本。魔法已经不是一个传说，而是现代科学的一项技术，它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”这两个字为体系的名字取代