亚东的平均海拔高度3400米。亚东县地处西藏南部边境，县域界于东经88°52′—89°30′，北纬27°23′—28°18′，轮廓北宽南窄。东西最大宽度45公里，南北长123公里，北面与境内的康马、白朗、岗巴三县相接，向南呈楔状伸入邻国印度和不丹之间。