膀胱镜检查是一种侵入性手术，通过尿道将仪器置于膀胱内。在整个手术过程中，人体的尿道和膀胱粘膜都会受到损伤，这是不可避免的。粘膜损伤愈合过程中瘢痕的形成可导致尿道狭窄。粘膜损伤易继发感染。在不熟练的手术过程中，一些不熟练的医生可能会在手术过程中造成很大的伤害，如膀胱穿孔、前列腺大出血等，这些都是严重的并发症。