1935年，东京人口已经达到636万人，与纽约、伦敦并驾齐驱。但是，1941年开始的太平洋战争给东京带来了很大的影响。

因战争需要，之前实施的东京府与东京市的双重行政被取消，1943年府与市合并，诞生了东京都(实施都制‐知事采取任命制）。

第二次世界大战末期，东京遭受了包括1945年3月10日东京大空袭在内的共102次空袭，失去了众多的生命和财产。1945年9月2日，日本签署投降协议书，战争结束。变为烧焦荒野的东京，人口骤减， 1945年10月人口为349万人，仅为1940年的一半。