《泡泡美人鱼》主要讲述了三个女孩，她们同在一所学校上学，她们是学校里的明星。

有一天，她们在对大海的探索的时候，发现了一个海岛上有一座神秘的古庙，古庙的斑驳的墙壁上刻着许多奇怪的咒语，三个女孩看见咒语后感到非常害怕，她们正想离开时，不小心落入了古庙中央的一个泛着神奇涟漪的水池，这时，月光透过水面照射在三人的身上，于是，神奇的事情发生了，她们变成了美人鱼，同时她们每个人都获得了一种超能力，她们利用魔法保护海洋的故事。