区别是一个是神话传说赤帝之女，一个是上古神话中的创世女神。

巫山神女是中国古代神话传说之一。赤帝女（南方天帝）之女，名曰瑶姬，未嫁而死，葬于巫山之阳，精魂依草，实为灵芝。后宋玉《神女赋》叙楚襄王夜梦神女。

女娲，中国上古神话中的创世女神。又称娲皇、女阴，史记女娲氏，是华夏民族人文先始，是福佑社稷之正神。