尼尔斯不爱学习，经常捉弄家里饲养的小动物，尼尔斯有一天戏弄了一只小精灵，受到惩罚变成一个拇指大的小人。

还没等他弄明白是怎么回事，他已经骑在家雄鹅与一群大雁飞上了天空。飞往北方的拉普兰。途中尼尔与狡猾的狐狸做斗争、智取乌鸦山的盗贼，结交了很多好朋友。尼尔斯最终变成善良、懂事的小男孩，他变回原形，回到了家。