克制幽灵系的是超能力系，确切说是相互克制。

幽灵系和超能力系的关系比较复杂，加上因为有早期的官方误导（比如无印篇动画中说到了幽灵系宝可梦可以对付超能力系宝可梦，但实际上初代的超能力系是免疫幽灵系的），在二代之后，超能力系才真正被幽灵系克制，而反过来也开始了实际上幽灵系和超能力系是互相克制的关系。