月升沧海中的三叔父不被追杀的原因是：三叔父是清县县令，虽然敌军已经攻占了清县，并且派人前来阻拦程止上任，但是程止毕竟是朝廷命官，不可能轻易杀死，一旦程止被杀，那这些为了生活的叛军就会成为大逆不道的叛军，他们也会被朝廷大军剿灭，于是他们没有追杀三叔父程止，只是阻拦他上任。