星汉灿烂中的何昭君会在地窖里的原因是：何昭君全家被雍王父子全部杀死，为了保住家族血脉，何家人就把何昭君和她的弟弟放进了地窖中，这才让他们姐弟获得了一个幸存的结局，可以说因为何昭君父亲不愿意附逆，这才导致了家族被雍王父子杀死。