红高粱莲儿的结局是死于日本人的枪下。莲儿受迷惑把九儿的儿女带去日本人的地方，豆官跑了告诉九儿，莲儿只带走了琪官，后来明白过来这是日本人的阴谋，叫琪官赶紧跑，被日本兵发现开枪，自己也被打伤腿，在抱着琪官跑的时候，两人被打死。