从剑冢回到蜀山，长卿告知景天锁妖塔危急，要景天快去增援。在锁妖塔前战胜邪剑仙、四长老、邪灵后，根据景天此时与各女主角好感的不同，会触发不同的结局。关于好感度的设定，只要根据正常逻辑即可判断，以龙葵的衣服任务为例，三种衣服分别代表三种好感度，“古代宫廷服饰”最好，“当今宫廷服饰”次之，而“普通民间服饰”则无好感，这些可以凭借音效来判断。很多带选项的对话都会影响好感度，最后根据好感度的不同，游戏结局也是各不相同的。
完美结局如下：
不论在剑冢中牺牲的是何人，在新仙界与重楼决斗胜利后都会出现完美结局。重楼希望景天到新仙界，景天眷恋人间，不愿离开，反而劝说重楼也到人间。重楼虽未答应，但会让在剑冢中牺牲的一人复活。景天、雪见、龙葵回到渝州新安当。在三人的协助下，景天的当铺也经营得愈来愈兴旺。
另附仙剑奇侠传3玩出五个结局的方法：
(1)雪见结局：
雪见好感度要高，小葵、花楹、紫萱不能太高。
铸剑时选'阵妖剑'，之后与重楼在新仙界一战，战败。
景天到处会找雪见，最后再一个村庄内找到，长乡厮守。
(2)小葵结局：
小葵好感度高，其他不能太高。
铸剑时选'魔剑'，之后新仙剑之战要被打败。
黑发小葵鼓励蓝发小葵后离开了她，去找寻自己所爱。
小葵与景天在一客栈(?)箱遇。
(3)紫萱结局：
紫萱得好感度要最高，其他人不能太高(小葵>雪见)。
铸剑时选'阵妖剑'，打完邪剑仙后就结束了。
当紫萱要牺牲自己来封印锁妖塔时，重楼阻挡了紫萱。
以自身魔力封印锁妖塔，但紫萱已将毕生修为给了长卿。
长卿因紫萱而成仙，重楼为紫萱修为尽失而落凡。
紫萱是凡，长卿是仙，人仙殊途。紫萱离开蜀山，
景天追紫萱而去，长卿只是无言并没有追过去。
之后紫萱、景天两人住在同一个村庄。
一日景天正在紫萱家门口擦拭古董，重楼来到，
问候她与紫萱的近况，后得知景天自小葵死后，
一直都是一个人过，并没与雪见一起，
于是便与景天相约到他家喝酒。
(4)花楹结局：
花楹好感度高，紫萱不能太高，雪见>小葵。
铸剑时选'魔剑'，随后打邪剑仙结束。
紫萱为封印锁妖塔牺牲了，重楼将小葵化成两个实体。
并约景天十年后的今天，冰风之谷一战。
随后十年景天一人独自修练，而小葵则是回古城镇生活。
这十年，景天已修至无剑之境，一日在野外遇到花楹，
花楹随著景天四处游荡。
(5)完美结局：
紫萱与花楹好感度不能太高，雪见或小葵的结局选其一。
在新仙界一战打败重楼。
景天的'新安当铺'内，雪见在招呼客人，
蓝发小葵负责帮忙鉴定物品，黑发小葵则是将客人吓跑。
渝洲西南
1、我没有，我没有！雪见好感度+3
2、我是说这把剑....雪见好感度+0
3、你...你该给我解药了吧？雪见好感度+5
大渡口
1、别担心，我会保护你的雪见好感度+5
2、不会吧？有那么严重吗？雪见好感度+0
3、他们到底有什么阴谋？雪见好感度+3
船1.为什么会有误会？紫萱好感度+5
2、没有挽回的余地了吗？紫萱好感度+3
3、真可惜紫萱好感度+0
船
1、好！青山不改，绿水长流，唐女侠！咱们后会有期！雪见好感度+52.我如果不用剑的话，哪里比得上你半点。雪见好感度+0
3、什么切磋切磋，你要想学，我教给你！雪见好感度+3
唐家堡外
1、你...多保重。紫萱好感度+3雪见好感度+5
2、如果有用得到我的地方，一定要来找我。紫萱好感度+5雪见好感度+3
3、代我向徐大哥问好紫萱好感度+0雪见好感度+0
唐家堡
是否阻止影响好感度
阻止：花楹好感度+5
不阻止：花楹好感度+0
渝州城隍庙
1、那是宝物耶！龙葵好感度+0
2、那很值钱耶！龙葵好感度+0
3、我根本没有！龙葵好感度+0
主要为景天所拿回的衣服判定好感度：
古代宫廷服饰饰龙葵好感度+5
当今宫廷服饰龙葵好感度+3
普通民间服饰龙葵好感度+0
渝州壁山前
1、千真万却！相信我！雪见好感度+3
2、当然，我早就知道她在剑里雪见好感度+5
3、应该是这样的吧...雪见好感度+0
九顶山
1、好！就先放我这里吧！雪见好感度+5
2、...是我先捡到的呢！雪见好感度+3
3、不好吧？你不要跟穷人抢饭吃！雪见好感度+0
安宁村
1、你小音小一点雪见好感度+0
2、凑合一晚上就好了！雪见好感度+5
3、出门在外，不要太挑剔雪见好感度+3
1、没有啊！龙葵好感度+3
2、大家看你是觉得你好看！龙葵好感度+5
3、大家看你是因为你会突然改变样子龙葵好感度+0
1、好啊...你也早点休息吧！紫萱好感度+3
2、你不是也还没睡紫萱好感度+5
3、别担心，徐大哥不会有事的！紫萱好感度+0
安宁村
遇上阎罗王的手下躲在半坡彩陶中：
告诉他：花楹好感度+3
不告诉他：花楹好感度+5
蜀山
1、掌门这么说，一定不会错紫萱好感度+0
2、紫萱姐，你是不是担心五灵珠很难找紫萱好感度+5
3、对哦！掌门也没有说取得五灵珠后怎样封印呢！紫萱好感度+3
唐家堡
1、对！我们根本不必理会他们！雪见好感度+0
2、还是救人要紧...雪见好感度+3
3、最好看他们分出个结果来。雪见好感度+5
雷州
1、放心，包在我身上！龙葵好感度+3
2、其实...不是因为这个啦！龙葵好感度+0
3、不用管别人怎么想！龙葵好感度+5
雷州
小摊贩骗财反吃亏：
阻止：龙葵好感度+5
不阻止：龙葵好感度+0
和尚逼花楹喝酒事件所出问题：
把猫宰了：花楹好感度+0
不回答：花楹好感度+5
神魔之井
1、是“易求无价宝，难得有情郎”吧？龙葵好感度+3
2、明明就是青玉观音龙葵好感度+0
3、我才...我才没有想呢！龙葵好感度+5
神魔之井戊
1、刚刚你被幻觉迷感了，还好吧？雪见好感度+5
2、我哪有啊！雪见好感度+3
3、别怕，那是假的！龙葵好感度+3
神界
小仙教龙葵天仙玉露调制法法：我也要喝：龙葵好感度+3
不出声：龙葵好感度+0
蜀山
1、我了解你的心情...雪见...雪见好感度+3
2、我觉得没有什么不同雪见好感度+5
3、.....雪见好感度+0
锁妖塔
1、好！我们下去吧！龙葵好感度+0
2、都过去了，不要害怕...龙葵好感度+3
3、别怕，我会保护你的！龙葵好感度+5
蜀山
1、小葵...我龙葵好感度+5
2、谢谢你，小葵龙葵好感度+3
3、你不要自责，这不是你的错龙葵好感度+0
蜀山
1、好！紫萱好感度+5
2、人已不在，做什么都没用了...紫萱好感度+0
3、....紫萱好感度+3
蛮州
龙葵遇上一名赌鬼，要传授龙葵技巧：
1、阻止：龙葵好感度+02.不阻止：龙葵好感度+0
小木屋中的单亲小孩卖竹器：
1、买：紫萱好感度+5
2、不买：紫萱好感度+5
古城镇
摊贩和花楹争吵：
1、出声声：花楹好感度+5
2、不出声：花楹好感度+0
1、不错哦！蛮锋利的！我喜欢龙葵好感度+5
2、唉！你不会买东西龙葵好感度+3
3、喜欢喜欢...龙葵好感度+0
民居中寻得夏父：
1、拿出竹哨：紫萱好感度+3
2、不拿出来：紫萱好感度+0
酆都
门口道士骗财：
1、莫上当：龙葵好感度+5
2、不出声：龙葵好感度+0
酒店老板与花楹谈论旁门左道：
1、发白日梦呢！：花楹好感度+0
2、不回答：花楹好感度+5
紫萱替江姑娘祛除吸精蛊：
1、出声：紫萱好感度+5
2、不出声：紫萱好感度+0鬼界
花楹遇上蛮州书生娘亲：
1、答应：花楹好感度+5
2、不答应：花楹好感度+0
1、我又说错什么了?凭你的本事应该能逃走的！雪见好感度+0
2、我...我又说错什么了？雪见好感度+3
3、又冤枉我！我哪有不相信你？雪见好感度+5
雪岭镇
紫萱和菇妖的交谈：
1、叫唤紫萱：紫萱好感度+0
2、不叫唤紫萱：紫萱好感度+3花楹与扬文的对话：
1、一夜夫妻百世恩：花楹好感度+3
2、不出声：花楹好感度+0
冰风谷
1、这证明你刚刚不是做梦龙葵好感度+3
2、都是我的错，害你....龙葵好感度+5
3、对啊，那这是怎么回事呢？龙葵好感度+0
1、我这不是救你来了吗？雪见好感度+5
2、我也差一就就没命了呢？雪见好感度+0
3、小葵受伤了...雪见好感度+3
1、我这里有药紫萱好感度+3
2、快使用仙术疗伤！紫萱好感度+0
3、我背你走吧...紫萱好感度+5安溪
雪见遇上一名闻香书生：
慢动手：雪见好感度+3
不出声：雪见好感度+0紫萱在吊祭故人：
询问：紫萱好感度+0不询问：紫萱好感度+5
海底城
1、雪见跟你开玩笑呢。雪见好感度+3龙葵好感度+3
2、龙太子不是坏人，但唐姐姐却是坏人龙葵好感度+5
3、是啊...他会吃掉你的雪见好感度+5
