少商知道凌不疑在塔里密谋的原因是：凌不疑在少商即将进入燕塔顶层的时候主动现身，虽然凌不疑没有说，但是聪明的程少商已经知道了在燕塔密谋的人就有凌不疑，只不过她知道这是一个非常危险的事情，选择了闭嘴没有揭穿凌不疑，这也是暗中保护了自己。