根据考古发现和遗传基因的研究，日本人的祖先主要是从朝鲜半岛迁移而来的，也就是说日本人和韩国人、朝鲜人有很大的血缘关系。

现发现最古老的日本人人骨，大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。一般认为日本最早的人类是从东南亚或西太平洋海岛地区迁移到日本列岛的。