《终极笔记》是根据《蛇沼鬼城》、《谜海归巢》、《阴山古楼》、《邛笼石影》以及《盗墓笔记大结局》五个故事进行融合而成的。讲述了自云顶天宫事件之后的系列故事，吴邪从三叔处得知西沙海底的隐情，以及战国帛书与老九门的恩怨后，收到两盘张起灵寄来的录像带的故事。