体育器材管理室的主要问题主要表现在管理混乱，责任不明，维护保养不到位，卫生管理不达标。具体的器材没有明确到具体的负责人，管理摆放杂乱，缺乏及时的维护和保养。

整改措施是要对所有的器材进行登记造册，明确具体的责任人，制定具体的管理措施和办法，保证做到每一个器械都能够有人及时维修，及时管护，确保器械正常运行不出现问题。