根据不同的情况，处理办法如下：

1、如果社保缴费人刚拿到医保卡，查询余额时发现为零，可能是因为医保经办机构还没有宣布转移，所以只需要耐心等待

2、一般社保卡包括两个账户，其中一个是银行卡账户，一般不能使用。所以在ATM查询余额，只能查到银行卡账户里的账户余额。如果你没有使用过银行卡账户，账户余额当然会显示为零。

3、灵活就业人员不按最低缴费开立个人医保账户，账户余额为零

4、城乡居民医保不开设个人医保账户，账户余额为零。