蓝藻细胞内除了含有叶绿素、类胡萝卜素两种主要色素外，还含有藻蓝素、藻红素、别藻蓝素等色素，捕光光谱更宽，在低光强下能充分捕捉利用光源，对低光强有较强适应能力。

蓝藻没有叶绿体，但具有叶绿素a、藻红素、藻蓝素和别藻蓝素.

蓝藻的光合作用是在它们的共同作用下完成的，具体为：光照 → 藻红素 → 藻蓝素 → 别藻蓝素 → 叶绿素a ，前三个只是传递光能，转化光能（将光能转化为电能）是靠叶绿素a.